接着，陈友谅约张士诚东西夹击应天，平分朱元璋的领地，应天大震。朱元璋只好召集众将商量对策，一时众说纷纭。
惟有刘基默不作声，朱元璋于是征求他的意见，刘基认为如今最危险的敌人莫过于陈友谅，必须集中力量消灭他。
虽然陈友谅势力强大，但他杀君自立，部众离心，人民疲敝，故而不难战胜，只要等他们深入，再以伏兵击之，不难取胜。朱元璋同意刘基的判断，于是设计诱敌深入，制造战机。
朱元璋的部将康茂才和陈友谅是老朋友，于是修书一封，派人送到陈友谅营中，约陈攻击应天，并说愿意在江东桥作内应。
六月二十三日早晨，陈友谅率舰队主力赶到应天郊外的江东桥，才发现桥是石桥而非木桥，方知受骗中计。但为时已晚，朱元璋的伏兵奋起攻击，陈友谅大败。
朱元璋收太平，占领信州、安庆。陈友谅败逃九江，第二年八月攻下安庆，于是朱元璋率军直取陈友谅的老巢江州，陈友谅逃往武昌，朱元璋攻克江西和湖北东南部。
正在这时，中原红巾军发生分裂，力量削弱。至正二十三年（1363年）二月，张士诚乘人之危，派部将吕珍进攻安丰，刘福通向朱元璋求救。朱元璋率军赶到安丰，救出小明王韩林儿等，把他们安排在滁州居住。朱元璋率主力营救小明王时，陈友谅认为反攻时机已到，于是率兵进攻洪都。
至正二十三年（公元1363年），陈友谅统率60万水军，巨舰数百艘，东征伐吴。汉军铺天盖地而来。举朝震惊，此时朱元璋忙于与东吴的张士诚作战，无暇西顾，就算挥师西援，以朱元璋的势力，也很难与汉军抗衡。
因此，为了争取在一起，用大刀，用自己的血肉之躯，抵挡60万敌军一番又一番地猛攻！
与朱文正一起守洪都的，还有被当年明月称为“天下第六名将”的邓愈。邓愈是个擅长使用火器的将领。
敌军一度攻破城墙，闯入城中，朱文正派遣邓愈领兵前去御敌，邓愈带兵持火枪轮番射击攻入城中的敌军，汉军纷纷倒下，余下的看到火器杀伤力这么大，十分畏惧。
在洪都守军强硬反击之下，汉军只能退出城外。朱文正忙派人修补城墙。
由于洪都将士奋战死守，陈友谅60万大军围攻85天，长达三个月，都未能攻破洪都城。
陈友谅不禁叹道：“朱元璋座下猛将如云，竟还有朱文正此等军事奇才，若能效力于我，势必如虎添翼！”
最终朱元璋准备好了一切，统率20万大军，千帆竞扬，向洪都浩浩荡荡地开来。
这场战役是中国历史上最著名的守城战役之一，也是中国军事上上以少胜多的经典案例，对元末的政治格局产生了巨大的影响。
这场长达三个月的洪都保卫战，使朱文正充分发挥了不逊于同时代任何名将的军事天赋和指挥才能。造就了朱文正人生的巅峰，将他推上了元末明初诸将星璀璨的神话舞台上。
洪都之战略意义极其重要，这场战争决定了朱元璋的霸王事业，陈友谅的汉军在此战中消耗极大、势力大削，为最终在鄱阳湖被朱元璋全部歼灭打下了坚定的基础，洪都之战改变了元末明初整个局势。
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